纖細(xì)裸藻（Euglena gracilis）是一種單細(xì)胞微生物，屬于原生生物界裸藻門。作為間核生物的典型代表，纖細(xì)裸藻不僅在形態(tài)上兼具動(dòng)植物細(xì)胞的特征，還能夠通過(guò)光合作用自養(yǎng)或通過(guò)滲透營(yíng)養(yǎng)異養(yǎng)。它獨(dú)特的葉綠體結(jié)構(gòu)為研究光合生物的內(nèi)共生起源和葉綠體演化提供了寶貴的線索。

深圳大學(xué)生命與海洋科學(xué)學(xué)院王江新教授團(tuán)隊(duì)自2015年開始對(duì)裸藻基因組進(jìn)行解析。經(jīng)過(guò)近十年的努力，團(tuán)隊(duì)近日成功構(gòu)建了纖細(xì)裸藻的染色體級(jí)別基因組圖譜。相比2019年劍橋大學(xué)團(tuán)隊(duì)的研究結(jié)果，基因組組裝連續(xù)性結(jié)果提高了1000倍。這使纖細(xì)裸藻成為裸藻綱中首個(gè)擁有染色體級(jí)別基因組的物種，對(duì)裸藻基因組學(xué)和合成生物學(xué)等相關(guān)領(lǐng)域的研究具有重大意義。

2024年7月16日，深圳大學(xué)生命與海洋科學(xué)學(xué)院王江新教授與化學(xué)與環(huán)境工程學(xué)院趙麗青教授團(tuán)隊(duì)在Nature出版集團(tuán)旗下期刊ScientificData（五年平均影響因子：8.9）發(fā)表題為“A chromosome-level genome assembly for the paramylon-producing microalgaEuglena gracilis”的研究論文。研究團(tuán)隊(duì)利用二代Illumina、三代PacBio、Bionano以及Hi-C測(cè)序技術(shù)，組裝得到高質(zhì)量的染色體級(jí)基因組圖譜。該基因組大小約2.37Gb，包含46條染色體，contigN50為619Kb，scaffoldN50為1.12Mb，并注釋到了39362個(gè)蛋白編碼基因。

纖細(xì)裸藻染色體級(jí)基因組圖譜，展示了其多層次基因組特征：外圈數(shù)字代表46條染色體編號(hào)。圖譜分為四層：基因密度（綠色）、轉(zhuǎn)座子密度（藍(lán)色）、串聯(lián)重復(fù)序列密度（紅色），反映各類元件在基因組中分布的整體情況；GC含量百分比（棕色），反映不同染色體區(qū)域堿基組成。中心為纖細(xì)裸藻的顯微鏡圖像。

深圳大學(xué)生命與海洋科學(xué)學(xué)院教授王江新和化學(xué)與環(huán)境工程學(xué)院教授趙麗青為論文的共同通訊作者，深圳大學(xué)生命與海洋科學(xué)學(xué)院副研究員陳子熙、云南農(nóng)業(yè)大學(xué)教授董揚(yáng)與博士生段勝常為論文的共同第一作者，深圳大學(xué)生命與海洋科學(xué)學(xué)院為該論文的第一完成單位。深圳大學(xué)生命與海洋科學(xué)學(xué)院助理教授卞超、研究員王筠、教授黎雙飛、副教授謝寧、教授徐穎、教授石瓊、教授胡章立、教授雷安平等參與了本項(xiàng)目研究工作。

該研究得到了國(guó)家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃項(xiàng)目（2021YFA0910800，2018YFA0902500，2020YFA0908703）、國(guó)家自然科學(xué)基金項(xiàng)目（41876188）、深圳市科創(chuàng)委（KCXFZ202002011006448）、深圳市科技計(jì)劃（KCXST20221021111206015，KCXFZ20201221173404012）和廣東省自然科學(xué)基金（2024B1515020034）等項(xiàng)目資助。